Не обновляется дата последнего отключения в /var/log/rc.log ?

Перегенерируйте initramfs и /usr должен монтироваться сценарием init в initramfs. О том, что /usr у вас не смонтирован предварительно говорит строчка:

/lib64/rc/sh/tmpfiles.sh: line 237: uniq: command not found

Как вы собирали initramfs?

Как это выглядит у меня:

root # mount
rootfs on / type rootfs (rw)
rpool/ROOT on / type zfs (rw,relatime,xattr,posixacl)
proc on /proc type proc (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime)
tmpfs on /run type tmpfs (rw,nosuid,nodev,relatime,size=390864k,mode=755)
udev on /dev type devtmpfs (rw,nosuid,relatime,size=10240k,nr_inodes=487352,mode=755)
mqueue on /dev/mqueue type mqueue (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime)
devpts on /dev/pts type devpts (rw,nosuid,noexec,relatime,gid=5,mode=620)
shm on /dev/shm type tmpfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime)
sysfs on /sys type sysfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime)
debugfs on /sys/kernel/debug type debugfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime)
efivarfs on /sys/firmware/efi/efivars type efivarfs (rw,nosuid,nodev,noexec,relatime)
rpool/home on /home type zfs (rw,xattr)
rpool/job on /mnt/job type zfs (rw,xattr)
rpool/distfiles on /var/distfiles type zfs (rw,xattr)
rpool/log on /var/log type zfs (rw,xattr)
rpool/portage on /var/portage type zfs (rw,xattr)
binfmt_misc on /proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw,nodev,noexec,nosuid)

root # rc-update show|grep zfs
                  zfs | boot

root # cat /etc/fstab
/dev/sda1	/boot	vfat	noauto	  0 0
/dev/zd16       none    swap    defaults  0 0

root # cat /tmp/initramfs/init 
#!/bin/busybox sh
#--[ START ]-------------------------------------------------------------#

CONSOLE="/dev/console"

rescue_shell() {
   busybox --install -s
   exec /bin/sh
}

load_modules() {
    MODULES="spl znvpair zcommon zunicode zavl zfs"
    for MODULE in ${MODULES} ; do
        modprobe ${MODULE}
    done
}

exec >${CONSOLE} <${CONSOLE} 2>&1

mount -t proc -o noexec,nosuid,nodev proc /proc >/dev/null 2>&1
mount -t sysfs none /sys >/dev/null 2>&1
mount -t devtmpfs none /dev >/dev/null 2>&1

load_modules || rescue_shell

zpool import -fN rpool || rescue_shell
mount -t zfs rpool/ROOT /mnt/root || rescue_shell

umount /dev || rescue_shell
umount /sys || rescue_shell
umount /proc || rescue_shell

exec switch_root /mnt/root /sbin/init

#--[ EOF ]---------------------------------------------------------------#

Нет никаких проблем описаных вами.

P.S. откатитесь на zfs (zfs, zfs-kmod, spl) к версии 0.6.3 (без r*), это пока наиболее стабильный вариант.

P.P.S. Не используйте отдельные разделы под /usr /var и прочие системные папки.
Пусть все системные файлы у вас находятся в корневом пуле, создайте лучше отдельный раздел под /home (и любые вспомогательные разделы)

zfs create -o mountpoint=/home rpool/home
zfs set quota=100G rpool/home
zfs set reservation=100G rpool/home

Это гораздо удобнее )