/etc/portage/package.*

В своё время нашёл такой скрипт с «говорящим» названием convert-profile-to-files.sh:

#!/bin/bash
PROFILE_DIR="/etc/portage"

if [ ! -e ${PROFILE_DIR} ]; then
  mkdir ${PROFILE_DIR};
fi;

for PACK_DIR in package.keywords package.use package.unmask package.mask; do
  CUR_DIR="${PROFILE_DIR}/${PACK_DIR}"
  if [ ! -e ${CUR_DIR} ]; then
    mkdir ${CUR_DIR}
  fi

  if [ -e ${CUR_DIR} -a ! -d ${CUR_DIR} ]; then
    mv ${CUR_DIR} ${CUR_DIR}.moving
    mkdir ${CUR_DIR}
    mv ${CUR_DIR}.moving ${CUR_DIR}/monolithic
  fi
done

echo "Completed!"

Насчёт преимуществ — дело привычки, мне удобнее раздельные настройки, по каталогам.
UPDATE: Походу файл делает что-то другое, сейчас я всё делаю руками, примерно так, как ниже показал willy.
UPDATE: willy почему-то убрал комментарий :(
В двух словах: в каталоге /etc/portage создаю каталоги portage.use, portage.keywords, portage.unmask и т.д. В эти каталоги помещаются файлы с именем директории, к которой относятся настраиваемые пакеты.
Пример:

ls -1 /etc/portage | grep package
package.keywords/
package.mask/
package.unmask/
package.use/

ls /etc/portage/package.use | head -n3
app-admin
app-misc
app-portage

cat /etc/portage/package.use/app-misc
app-misc/recoll camelcase chm dvi gs ics msdoc msppt msxls rtf tex wordperfect zip

cat /etc/portage/package.keywords/app-misс
app-misc/tracker				~x86
app-misc/recoll					~x86
app-misc/mc					~x86

Просто посчитал свой коммент не особо нужным дублем.

Для меня нет никаких преимуществ или удобств, остаюсь на файлах, на алиасах
alias Ekey='sudo vim /etc/portage/package.keywords'
alias Euse='sudo vim /etc/portage/package.use'
см также http://dev.gentoo.org/~dirtyepic/conf/bashrc

z для меня плюс в том что, если я размаскирую прогу - создаю фаел с её названием, и всё то что он апопросила размаскировтаь - кидаю туда. если что потом ясно что для чего размаскировалось